Museum vertelt het verhaal van de eerste vaste bewoners van Zutphen en omstreken. Deze boeren hadden in de nieuwe steentijd, bronstijd en ijzertijd een complexe religieuze wereldbeschouwing.
Museum vertelt het verhaal van de eerste bewoningsgeschiedenis op de rivierduinen in de omgeving van de monding van de Berkel in de (nieuw ontstane) IJssel.
Museum vertelt het verhaal van het ontstaan van Zutphen als hoofdstad en naamgever van het graafschap (en het latere hertogdom) op het rivierduin langs de IJssel. Tevens vertelt het museum over de positie van Zutphen als Hanzestad en de rol die de rivier daarbij speelde.
Museum vertelt het verhaal van Zutphen in de rijke Hanzetijd o.a. aan de hand van bijzondere overgebleven muurschilderingen, de bijzondere Zutphense Kwadrant en resten van een koggeschip.
